Toàn bộ khu bảo tồn Hòn Mun có tổng diện tích là 160 km2, trong đó 38 km2 là tổng diện tích của các hòn đảo, 122km2 là diện tích mặt biển. Nơi đây có nhiều hang động đá đen, hàng năm có chim yến về làm tổ. Hơn nữa, tại Hòn Mun có sự pha trộn của hai dòng nước lạnh và nóng. Dòng nước lạnh chảy từ phương Bắc xuống và dòng nước nóng chảy từ xích đạo. Do đó, du khách bơi thỉnh thoảng sẽ cảm nhận được dòng nước lạnh và có lúc bạn sẽ gặp dòng nước ấm.
Tên là Hòn Mun vì có những vách mỏn đá nhô cao ở phía Đông Nam của đảo, vách dựng đứng hiểm trở tạo thành hang động, đặc biệt đá ở đây có màu đen tuyền như gỗ mun, rất hiếm gặp ở những nơi khác.
Trên thế giới có khoảng 2.000 loài san hô và sinh vật biển trong khi đó ở Hòn Mun đã có tới 1.500 và tìm thấy 340 trong tổng số hơn 800 loài san hô cứng trên thế giới. Ở độ sâu dưới 18m, không còn cảnh đẹp san hô, nhưng có rất nhiều hang động. Có nhiều hang sâu 10 – 15m, phải dùng đèn để quan sát những sinh vật biển chuyên sống trong bóng tối như tôm, mực, tôm hùm, cá đuối. Nơi đây được ví như một “bảo tàng sống: về các loài sinh vật biển ngay trong lòng đại dương.
Hòn Mun chính là điểm dừng chân lý tưởng cho những ai đi du lịch Nha Trang, đặc biệt là những người đam mê môn thể thao lặn biển.